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Rloop追星，上海嘉因R-loop CUT&Tag 2.0强势来袭

嘉因 Rloop R-loop

表观遗传上海嘉因

2024/10/12

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330

上海嘉因于年初推出Rloop CUT&Tag服务

R-loop是真核生物内广泛存在的三链核酸结构。近年来，R-loop被证明是基因表达和基因组稳定性的调节因子，引起了越来越多的关注。R-loop的全基因组定位可以帮助科学家们对Rloop的发生和功能进行精确研究。

2024年2月嘉因生物推出Rloop CUT&Tag服务，该服务基于CUT&Tag体系，利用S9.6抗体，在全基因组水平对R-loop进行定位，具体流程包括：磁珠结合细胞/细胞核、S9.6 抗体识别R-loop、IgG二抗孵育、PA-Tn5孵育、DNA回收与建库。

R-loop CUT&Tag实验流程

上海嘉因Rloop CUT&Tag 2.0来啦！

2024年10月15日，嘉因生物本着精益求精的精神，完成了Rloop CUT&Tag的实验升级，推出Rloop CUT&Tag 2.0。Rloop CUT&Tag 2.0对上海嘉因的标准CUT&Tag protocol做了专门的优化，使得1）IP反应的实际投入细胞数从原来的50万降低到20万，这对于样本量少的珍贵样本更加友好2）其次，实验的IP富集效果更强，拥有更高的实验信噪比。

上海嘉因Rloop CUT&Tag 2.0案例

案例一：HEK293T的两个20万细胞的Rloop CUT&Tag高重复性

样本Peak数

	LS_20W	S_20W
Peak number	56849	43850

样本peak分布情况

IGV可视化

案例二：人角质形成细胞系HaCat 10万细胞 VS 20万细胞

样本Peak数

	S-10万细胞	S-20万细胞
Peak number	14690	15406

样本peak分布情况

IGV可视化

相关阅读：

R-loop CUT&Tag系列文章之一：R-loop概览——结构、形成、分布、调控因子及病理生理功能
R-loop CUT&Tag系列文章之二：R-loop与表观调控
R-loop CUT&Tag系列文章之三：R-loop与转录终止
R-loop CUT&Tag 系列文章之四-R-loop CUT&Tag技术原理和技术对比
R-loop CUT&Tag系列文章之五：上海嘉因实操R-loop CUT&Tag数据大解密
R-loop CUT&Tag系列文章之六：R-loop与基因组稳定性

END

上海嘉因生物

中国表观遗传学技术服务领跑者

嘉因生物-CUT&Tag介绍

CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。

scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。

嘉因生物-CUT&Tag优势

优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome Biology。截止至2023年8月，嘉因已累计协助客户发表CUT&Tag文章78篇，总影响因子超过600分，包括Nature Genetics, Signal Transduction and Targeted Therapy, Cell Discovery 等顶尖杂志。

优势二嘉因生物8年来，积累了超过300种的成功实验抗体库，向老师们推荐高成功率的转录因子抗体和组蛋白修饰抗体。CUT&Tag项目进行高标准交付（人的经典DNA结合蛋白，MACS2 Q-value= 0.05下至少500个peak）。

优势三延续嘉因生物5年来的ATAC-seq的丰富提核经验，针对各种组织器官类型的CUT&Tag项目的提核更得心应手。嘉因已完成1500+例CUT&Tag实验，涉及到的物种和组织器官组合200+。

优势四生信分析售后团队可以完成各类CUT&Tag定制化分析。