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    我有靶基因,再也不愁找上游转录因子了!(下篇)——knockTF2.0数据库应用指南

    靶基因
    2024/09/29
    687
    承接上篇,我们将接着介绍通过使用KnockTF 2.0数据库,从靶基因寻找上游转录因子/转录辅助因子的详细步骤!



    进入KnockTF 2.0数据库


    进入KnockTF 2.0数据库主页(http://www.licpathway.net/KnockTF/index.html)。主页对大家的到来表示欢迎,并对KnockTF 2.0数据库进行了简介,该数据库是T(co)F,即转录因子与转录辅助因子敲降/敲除的基因表达谱数据库,包含上游通路信息和下游靶基因的功能注释信息,同时可提供靶基因表观遗传/遗传注释,具体介绍可见我们的上篇文章。






    Search功能,找寻靶基因上游T(co)F


    Search页面提供5种检索方式,分别是基于转录因子、靶基因、敲除方式、组织类型及转录因子(BLAST)。在靶基因查询模式下,首先选择物种,再添加靶基因的Symbol, Entrez ID或者 EnsemblID,并设置Fold Change用来筛选T(co)F数据集。

    如下图所示,以ICAM1(Intercellular Adhesion Molecule 1)靶基因为例,我们点击Search得到搜索结果。



    搜索结果以表格的形式展现。以ICAM1靶基因为例,共返回90+行数据。每行为转录因子/转录辅助因子的详细信息,包括组织类型、敲除方式、Fold Change等。







    基因详情栏


    点击Target Gene ICAM1进入基因详情页面。详情页面左侧提供了ICAM1基因的基本信息,包含基因缩写、全称、ID、正负链、基因组位置信息及外部链接。右侧为筛选出的显著调控靶基因的云图,即ICAM1的T(co)Fs,红色为激活靶基因的T(co)Fs,蓝色为抑制靶基因的T(co)Fs。T(co)Fs的大小和深浅与调控强度相关,可在云图下方选择Log2FC的阈值。将鼠标置于的T(co)Fs上,可以显示此T(co)F的Log2FC和FC的具体值。







    靶基因-T(co)F Pairs栏


    页面下方ICAM1-T(co)F Pairs栏显示了详细的T(co)Fs差异表达结果,根据Log2FC排列,可以看到抑制ICAM1的T(co)Fs按顺序排列为STAT3、MAF和GATA3;激活ICAM1的T(co)Fs按顺序排列为EHF、TP53和DAXX。结果与基因详情栏中的云图相对应。







    Regulation Region栏


    下拉页面,来到Regulation Region栏,显示的是根据ChIP-seq或者Motif分析预测,可能结合在靶基因ICAM1启动子区域、超级增强子区域和增强子区域的T(co)Fs



    通过Annotation栏可以选择了解TFBS、eQTL、Common SNP、Risk SNP、Motif、TAD、染色质相互作用、甲基化等信息。







    Expression Atlas of 靶基因栏


    继续下拉页面,来到Expression Atlas of ICAM1栏,显示的是靶基因在不同组织、细胞中的情况,使用的数据库包括GTEx人类正常组织数据库,CCLE肿瘤细胞系数据库、TCGA人类肿瘤数据库和ENCODE细胞系数据库。




    以上介绍了通过使用KnockTF 2.0数据库,从靶基因寻找上游转录因子的详细步骤。KnockTF 2.0数据库还有其他的功能,例如通过Browse交互式页面可以搜寻T(co)Fs敲降/敲除的数据集,并根据需要进行筛选;通过Analysis页面,进行subnetwork analysis、T(co)F Enrichment、GSEA和Pathway Download Analysis等等。在此就不赘述啦,如有疑问可留言或者参见Help页面信息。



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