2024年11月，上海交通大学附属仁济医院刘颖斌团队等在Advanced Science杂志上发表学术论文“Super-Enhancer Reprograming Driven by SOX9 and TCF7L2 Represents Transcription-Targeted Therapeutic Vulnerability for Treating Gallbladder Cancer”，为理解预后较差的胆囊癌（gallbladder cancer, GBC）亚群的肿瘤发生提供了表观遗传机制新见解，并为未来临床试验中治疗这些GBC患者提供了有前景的预后分层和治疗策略。
胆囊癌（GBC）是一种高度侵袭性的恶性肿瘤，目前缺乏临床可用的靶向治疗药物。超级增强子（super-enhancers, SEs）是关键的表观遗传顺式调节元件，其广泛的重编程可导致癌症中的异常转录。为了解胆囊癌中的超级增强子，本研究对多个胆囊癌组织和细胞系样本的H3K27ac分布进行了分析，以建立SE景观及其相关的核心调节回路（core regulatory circuitry，CRC）。通过CRC分析发现的两个主转录因子候选物——胆道谱系因子SOX9和Wnt信号通路效应因子TCF7L2，共同占据彼此的SE区域，形成一个相互的自我调节环路，以驱动一部分GBC的致癌SE重编程。SOX9/TCF7L2双高表达的GBC细胞高度依赖此两TFs，并富集与干细胞特性、ErbB和Wnt通路相关的SE相关基因标志物。有更多此类GBC细胞的患者预后明显较差。此外，SOX9/TCF7L2双高表达的GBC临床前模型对SE靶向的CDK7抑制疗法在体内体外均敏感。
文中超级增强子的H3K27ac的CUT&Tag实验由上海嘉因生物协助完成。
CUT&Tag可以在全基因组范围内定位转录因子的结合位点或者组蛋白修饰发生的位置。CUT&Tag使用ProteinA-Tn5融合蛋白来结合目的蛋白上的抗体，并特异性切割目的蛋白结合的DNA，最终实现靶蛋白结合位点的精准定位。相比于ChIP-seq而言， CUT&Tag 的数据信噪比高、所需细胞数少，测序量小并且实验重复性高。
scCUT&Tag，即单细胞CUT&Tag，可以进一步了解，指定的转录因子或者组蛋白修饰，在细胞群体中每一个细胞中的结合位置。
优势一 2021年7月，国内第1篇由服务商提供CUT&Tag服务的文章发表于Genome Biology。截止至2023年8月，嘉因已累计协助客户发表CUT&Tag文章78篇，总影响因子超过600分，包括Nature Genetics, Signal Transduction and Targeted Therapy, Cell Discovery 等顶尖杂志。
优势二 嘉因生物8年来，积累了超过300种的成功实验抗体库，向老师们推荐高成功率的转录因子抗体和组蛋白修饰抗体。CUT&Tag项目进行高标准交付（人的经典DNA结合蛋白，MACS2 Q-value= 0.05下至少500个peak）。
优势三 延续嘉因生物5年来的ATAC-seq的丰富提核经验，针对各种组织器官类型的CUT&Tag项目的提核更得心应手。嘉因已完成1500+例CUT&Tag实验，涉及到的物种和组织器官组合200+。
优势四 生信分析售后团队可以完成各类CUT&Tag定制化分析。
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2025-08-03
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